Jetsmark Kirkes orgel er bygget af Th. Frobenius og Sønner i 2008. Instrumentet blev taget i brug ved en festlig gudstjeneste søndag den 5. oktober 2008, hvor biskop Søren Lodberg Hvas prædikede og samme dag afholdtes indvielseskoncert ved daværende domorganist Erling A. Thomsen, Aalborg. 

Orglets disposition tilgodeser et overraskende bredt spektrum af orgellitteraturen. Instrumentet yder såvel tidlig musik, barokmusik som en betydelig del af den romantiske og nyere orgellitteratur stor retfærdighed. Instrumentet fik 20 stemmer (Ca. 1080 piber) fordelt på Hovedværk, Svelleværk og Pedalværk. Orglets disposition er udarbejdet af kirkens daværende organist Britta Knudsen i samarbejde med orgelbyggeren og orgelkonsulent domorganist Erling A. Thomsen. Den sjældent vellykkede intonation er foretaget af Ole Høyer. 

Orglet blev forsynet med den 21. stemme i foråret 2011 – en terst 1 3/5 og med setzer kombinationer, som muliggør en hurtig og præcis styring af instrumentets klangfarver. Orglet er således nu fuldt udbygget med 21 stemmer. Det elektrisk kombinationssystem blev monteret i juni 2011. 

Denne færdiggørelse er muliggjort ved en stor donation fra Augustinusfonden. Fondens bestyrelse har besøgt Jetsmark kirke og  besluttede efterfølgende at skænke færdiggørelsen til Jetsmark kirke. 

Kirkens fremragende akustik bevirker – sammen med instrumentets fornemme intonation, at orglet fremstår som særdeles velklingende. Instrumentet overbeviser i lige høj grad om sin store anvendelighed ved såvel gudstjenester og kirkelige handlinger som i koncertsammenhæng. Det karakteriseres desuden ved stor anvendelighed i forbindelse med akkompagnement af såvel solister som af kirkens kor.